Konspiracyjne organizacje tworzone przez młodzież harcerską powstawały spontanicznie od pierwszych miesięcy okupacji. Część z nich z czasem włączona została w nurt konspiracji ogólnopolskiej, część do końca działała autonomicznie.
Do najbardziej znanych harcerskich inicjatyw lokalnych należą:
„Tajna Siódemka”, utworzona w październiku 1939 r. w Lesznie przez HR Otto Roszaka. W sierpniu i wrześniu 1940 r. została rozbita na skutek aresztowań, których ofiarami padli wszyscy jej członkowie.
„Pakt Czterech”, działający na terenie Kościana od grudnia 1939 r. Jego członkowie zorganizowali nasłuch radiowy i wydawali gazetkę „Wolność”. W sierpniu 1941 r. w ręce gestapo wpadli wszyscy uczestnicy „Paktu”.
„Leśne Orły”, organizacja utworzona w okolicach Chodzieży na początku 1940 r. W związku z aresztowaniami wśród członków organizacji, uległa ona w drugiej połowie 1941 r. samorozwiązaniu.
Prawdopodobnie najwcześniejszą strukturą konspiracyjną w Poznaniu była organizacja utworzona przez Janusza Pyszkowskiego na bazie grupy harcerzy i junaków PW, którzy w pierwszych dniach września opuścili Poznań, szukając przydziału wojskowego. Po powrocie zaczęli nawiązywać ze sobą kontakty. Jednak już w połowie września gestapo wpadło na trop organizacji, a do końca października całkowicie ją rozbiło.
Szare Szeregi Męskie
Początki tworzenia konspiracyjnych struktur Komendy Chorągwi Wielkopolskiej ZHP przypadają na październik 1939 r. Inicjatywa wyszła od grona instruktorów skupionych wokół hm. Józefa Wizy „Siwego Sępa”. Od początku istniała ścisła łączność z konspiracyjną Główną Kwaterą Harcerzy w Warszawie (kryptonim „Pasieka”), na której czele stanął 27 września 1939 r. wielkopolski instruktor hm. Florian Marciniak. W listopadzie 1939 r. mianował on phm. Romana Łyczywka „Mateusza” na komendanta Chorągwi Wielkopolskiej (kryptonimy „Ul...